微波杀菌是微波加热技术功能的延伸，表现为微波与生物及其基本单位细胞相互作用后生物细胞生理活动的变化和反应。与巴氏杀菌相比，微波杀菌设备具有以下显著特点：
1、微波杀菌设备是一种物理杀菌方法。无需添加化学防腐剂，、霉菌、卵子、病毒等微生物，无需添加化学防腐剂。在杀灭有害微生物的过程中，不会污染食品残留的毒性或放射性物质，安全无害。它不会改变食物的颜色、味道和营养。
2、在相同的杀菌温度下，杀菌时间短，无需预热。例如，大肠杆菌的杀灭时间约为30秒。在相同的杀菌条件下，细菌的死亡温度相对较低，杀菌效果非常显著。
3、杀菌平台可同时进行多种杀菌，大大缩短杀菌周期，保证杀菌一致性。
4、由于材料各部分同时杀菌，杀菌时间短，可以避免长时间加热影响食品质量，特别是不适合高温或长时间加热杀菌的食品。例如：含有挥发性辛辣成分的姜粉、含水量较高的新鲜水母等。微波杀菌可用于需要保持色、香、味等质量要求和杀菌的材料。
5、微波杀菌可分为包装后杀菌和包装前杀菌。如果包装容器不能由金属制成，则需要中等材料。一般采用软塑料包装或玻璃，工程塑料容器为宜。为防止微波杀菌过程中袋胀，设备可在工作仓库内加压，采用背压杀菌工艺，防止袋胀损失。
