从快速均匀加热（选择性加热）、节能高效（比远红外1／31／2节能）、酶保护和保鲜（最大限度地提高食品中的物质和维生素、色素和营养物质的活性）、连续生产、安全无害、设备面积小、而改善工作条件的微波加热设备得到了广泛的应用。如采用紫外线、微波、光波三位一体的超级杀菌效果更佳。但是，
微波杀菌设备也不容小觑。
随着人们工作、生活节奏的加快和人口的相对集中，快餐和盒饭已成为大中城市不可或缺的需求。然而，由于数量庞大，无论是在食品的卫生条件下，还是在食品的温度和口感上，都受到了很大的影响。微波灭菌设备的应用前景十分广阔。
如果加工好的月饼等食品不及时销售，由于保存期长，会变质。而且，由于包装不当，月饼中细菌总数超标，带来了很大的损失，严重影响了厂家的声誉。用微波杀菌设备处理过的月饼，常温保存一年以上，仍然柔软新鲜。各种豆制品都是营养丰富的植物蛋白食品，也是各种微生物的良好的文化基础。常温下易发霉，失去食用价值。豆制品生产中，豆腐皮先用6kw电动滚筒挤压至40%，然后放入2450mhz、10kw隧道式微波炉中，烘干至技术要求，然后直接包装。整个过程仅需23分钟，生产能力为75kg\/h，产品不仅酥脆、补水，而且杀菌、酶杀灭效果好，大大延长了贮藏期。经微波灭菌设备处理后的豆腐干，用真空塑料袋包装后，可在室温下保存数天，不变质。
在牛奶生产过程中，巴氏杀菌是最重要的过程。传统的杀菌方法是高温短时巴氏杀菌。其缺点是需要庞大的锅炉和复杂的管道系统，占用煤场耗能大，劳动强度大，会带来环境污染等问题。例如，使用微波杀菌设备几秒钟后，细菌和大肠杆菌完全符合国家卫生标准的要求，不仅营养成分保持不变，而且通过微波作用使脂肪球的直径变小，具有均质作用，增加了脂肪球的直径。牛奶风味好，有利于营养成分的吸收。
