微波真空干燥机工作制造过程中必不可少的环节，便是微波真空干燥机的零部件清洁，但这是非常讲究的，需要根据零件的几何形状以及脏污程度，而使用不同的清洁方式，虽然零部件得清洁方式选择，并不影响机器接下来的干燥工作过程。第一种快速有效的方式是真空干燥，这是微波真空干燥设备零件干燥环节的一种，还有就是用微波真空干燥设备零件自身的加热清洗的对流干燥、循环利用热空气进行空气干燥。
微波真空干燥设备零部件通常在加工或打磨工作之后，或热处理后进行清洗。清洗方法基本上可分为两类：水溶液清洗和溶剂清洗。当然也有一些特殊的过程。最终选择的清洗方法取决于多种因素。最合适的清洗方法必须根据微波真空干燥设备零件的材料，污垢的类型（不同类型的油、油脂、乳液、灰尘等）或部件的几何形状（表面结构、孔、咬边等）进行选择。
对清洁后的微波真空干燥设备零部件进行随后的干燥是必不可少的。因为在水性介质的情况下，即使最小的残余水分也会对微波真空干燥设备造成腐蚀损坏，从而导致高昂的后续费用。未干燥的溶剂可导致工件被分解。对流干燥是最简单的干燥方法。组件在清洗过程中被加热到70至80℃之间，使附着的水分蒸发。
这两种方法都适用于几何形状简单的微波真空干燥设备零部件，有效可靠的是真空干燥，可以让复杂的零部件快速干燥，并且对于涉及水溶液和溶剂的清洗微波真空干燥设备零部件方法均可使用，循环空气干燥是热空气在微波真空干燥设备零部件上方流动，致使水分蒸发。
